故事围绕一艘名为“监狱戦舰”的舰船展开，讲述了在残酷的洗脑与改造手段下发生的航海历程。作品以独特的科幻与调教题材结合，呈现角色在非道改造中的变化与挣扎，标题中的“非道の洗脑改造航海”点明了核心设定。